CSBC 2012
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VI Workshop de e-Science

As últimas décadas têm testemunhado uma revolução na maneira como a Ciência e as Engenharias vêm sendo conduzidas. Em particular, a Computação apresentou-se como uma terceira abordagem para a pesquisa, em complemento às tradicionais abordagens teórica e experimental.

Na medida em que novos instrumentos permitem avanços significativos em áreas como a Astronomia, Biologia, Física e Ecologia, sistemas computacionais colocam-se no caminho crítico do processo científico. Naturalmente, a necessidade de apoio no uso de tais instrumentos e processos computacionais derivados impulsiona fortemente o desenvolvimento de sistemas computacionais. Em paralelo à pesquisa in-silico, simulações computacionais apresentam-se como um novo ator no processo científico. Simulações são utilizadas em diversas áreas na qual a observação de fenômenos se mostra dispendiosa, como no caso de perfuração de poços de petróleo, ou invasivas, como no caso da neurociência. Em ambos os casos, o desenvolvimento da Ciência da Computação no suporte à Ciência se mostra fundamental e indiscutível.

Avanços recentes nas áreas de Engenharia de Software, Bancos de Dados, Bioinformática e Sistemas Distribuídos, incluindo ontologias, modelagem de workflows e processos científicos, serviços web semânticos, gerência de componentes de software, computação em nuvem e em grid, proveniência de dados, "curagem" de dados (data curation), algoritmos de alinhamento e de bioinformática, dentre outros, representam contribuições da Computação para os desafios da ciência computacional. Estas e outras iniciativas na área de Ciência da Computação têm sido coletivamente identificadas como e-Ciência (do inglês e-Science). A importância do tema pode ser verificada no grande número de projetos de pesquisa e inovação nas esferas nacional e internacional.

O VI e-Science Workshop tem por objetivo reunir trabalhos nas áreas de bancos de dados, engenharia de software, astronomia, bioinformática e sistemas distribuídos servindo de base para o desenvolvimento de uma infraestrutura de suporte à Ciência, ao ciclo experimental e simulações computacionais. O tema do Workshop faz parte do direcionamento de pesquisa organizado pela Sociedade Brasileira de Computação (SBC) e reportado no documento Grandes Desafios da Pesquisa em Computação no Brasil 2006 a 2016.

O e-Science Workshop funciona como o principal fórum brasileiro para apresentações e discussões entre membros da comunidade de e-Ciência. O evento estimula a criação de parcerias em pesquisas e o desenvolvimento de produtos e ferramentas tendo como alvo aplicações de e-Ciência. As três edições iniciais do evento foram realizadas junto aos Simpósios Brasileiros de Banco de Dados e Engenharia de Software (SBBD/SBES), de maneira que várias parcerias entre grupos dessas áreas nasceram como fruto de tais encontros. A partir da quarta edição, este evento vem fazendo parte do CSBC, o que oferece maior visibilidade à comunidade de Computação. Na quinta edição, foi observado um aumento no interesse pelo evento, principalmente proveniente das áreas fim.

Em função da evolução observada nas edições passadas, nesta sexta edição do Workshop e-Science haverá três trilhas. Duas delas são trilhas específicas para áreas fim, uma para Bioinformática e outra para Astronomia. A aproximação com pesquisadores dessas áreas da ciência visa a estreitar o relacionamento entre os participantes das diversas áreas. Ademais, essa aproximação propicia a identificação de demandas relativas à infraestrutura computacional sob o ponto de vista das áreas fim. A terceira é a trilha principal de e-Science, focada em computação, já tradicional em outras edições do workshop.

Coordenadores

Eduardo Bezerra – CEFET/RJ
Eduardo Ogasawara – CEFET/RJ

Comitê de Programa

Artigos (Título,Autor)

1. Abílio Mateus (Universidade Federal de Santa Catarina) 
Análise multi-espectral de galáxias: o banco de dados STARLIGHT/SDSS/GALEX/WISE
2. Adriana Valio (Universidade Presbiteriana Mackenzie)
CRAAM-SVO: Observatório Virtual Solar do Centro de Rádio Astronomia e Astrofísica Mackenzie
Um observatório solar virtual na era da e-Science
3. Alan C. Ignacio (UFPR) 
Ferramenta Computacional para Coleta e Análise de dados Laboratoriais de Enteropatógenos
4. Alberto E. P. de Araujo (Universidade Federal Rural de Pernambuco)
Um Cluster Virtual Automatizado para Reuso de Recursos Ociosos em um Laboratório Universitário de Uso Geral
5. Alberto Krone-Martins (Universidade de Lisboa) 
Unsupervised photometric membership assignment in stellar clusters
Pushing the limits of the Gaia space mission through the analysis of galaxy morphology
6. Alessandra Faria-Campos (Universidade Federal de Minas Gerais)
NanoTrack - Sistema Inteligente de Gerenciamento de Dados de Síntese de Nanoestruturas de Dados de Síntese de Nanoestruturas
7. Alex Barbosa Bastos (Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais (INPE)) 
CloudSatCD um Ambiente de e-Engineering em Nuvem para o Projeto Conceitual de Satélites
8. Alex Lima (Universidade Federal do Pará) 
Autoassembly: Uma ferramenta para automação do processo de montagem de genomas procariotos
9. Alexandre Borba (UFRPE - Universidade Federal Rural de Pernambuco) 
Um Cluster Virtual Automatizado para Reuso de Recursos Ociosos em um Laboratório Universitário de Uso Geral
10. Alexandre Plastino (Universidade Federal Fluminense) 
Impacto de Estratágias de Balanceamento no Problema de Classificação de Sítios de Splice
11. Amanda Sayuri Guimarães (University of São Paulo) 
Avaliação topológica de redes gênicas de esquizofrenia usando abordagens de redes complexas
12. Ana Gales (Laboratório Especial de Microbiologia Clínica, Disciplina de Doenças Infecciosas e Parasitárias) 
Regiões de plasticidade genômica e reconstrução metabólica in silico de um isolado clínico de Klebsiella pneumoniae causador de surto hospitalar
13. Ana Maria de Carvalho Moura (LNCC/RJ)
Extending scientific workflows for managing hypotheses and models
14. Ana Tereza Vasconcelos (Laboratório Nacional de Computação Científica) 
Análise comparativa de isolados de Staphylococcus aureus resistentes à meticilina com diferentes padrões de expressão de biofilme
Regiões de plasticidade genômica e reconstrução metabólica in silico de um isolado clínico de Klebsiella pneumoniae causador de surto hospitalar
15. André Amorim (Universidade Federal de Santa Catarina) 
Análise multi-espectral de galáxias: o banco de dados STARLIGHT/SDSS/GALEX/WISE
16. André Moitinho de Almeida (Universidade de Lisboa)
Unsupervised photometric membership assignment in stellar clusters
17. André Silva (Universidade Federal de Minas Gerais) 
NanoTrack - Sistema Inteligente de Gerenciamento de Dados de Síntese de Nanoestruturas de Dados de Síntese de Nanoestruturas
18. Angelo Fausti Neto (Observatório Nacional) 
A web-based e-Science Analysis Center for large-collaboration astrophysics analysis. Application to the Dark Energy Survey
19. Artur Silva (Universidade Federal do Pará)
Autoassembly: Uma ferramenta para automação do processo de montagem de genomas procariotos
20. Berenice Steffens (UFPR) 
BioSom: Metodologia para identificação de sinônimos de genes utilizando Self Organizing Maps.
21. Bernardo Gonçalves (LNCC) 
Extending scientific workflows for managing hypotheses and models
22. Bianca Zadrozny (IBM Research Brazil) 
Impacto de Estratágias de Balanceamento no Problema de Classificação de Sítios de Splice
23. Bruna Alberton (Universidade Estadual Paulista "Júlio de Mesquista Filho") 
Desenvolvimento de um modelo conceitual de um Banco de Dados para o Projeto e-phenology
24. Bruno Schulze (LNCC)
An Analytical Data Management as a Cloud Service for Numerical Simulations
25. Cecília Klein (INRIA Rhône?Alpes, UMR 5558 Biométrie et Biologie Évolutive, Université Claude Bernard, Ly) 
Regiões de plasticidade genômica e reconstrução metabólica in silico de um isolado clínico de Klebsiella pneumoniae causador de surto hospitalar
26. Cesar Strauss (DAS/INPE MCT) 
Cosmobook - An Environment for Panoramic Photometry
27. Christine Ducourant (LAB/Université de Bordeaux) 
Pushing the limits of the Gaia space mission through the analysis of galaxy morphology
28. Christophe Benoist (OCA) 
A web-based e-Science Analysis Center for large-collaboration astrophysics analysis. Application to the Dark Energy Survey
29. Claudia Bauzer Medeiros (IC-UNICAMP)
Integrating and processing events from Heterogeneous Data Sources
30. Claudia Varassin (Universidade federal Espirito Santo (UFES) / Universiadade Federal Fluminense) 
Impacto de Estratégias de Balanceamento no Problema de Classificação de Sítios de Splice
31. Claudinei Walker Silva (National Institute for Space Research) 
Cosmobook - An Environment for Panoramic Photometry
32. Cristiana O. Beltrame (Universidade Federal do Rio de Janeiro)
Análise comparativa de isolados de Staphylococcus aureus resistentes à meticilina com diferentes padrões de expressão de biofilme
33. Daniel de Oliveira (COPPE/UFRJ) 
Adaptive Evolution of Falcipain-Homologues in Plasmodium
Monitoramento em Tempo Real de Workflows Científicos Executados em Paralelo em Ambientes Distribuídos
34. Danielle Couto (Universidade Federal do Pará)
Modeling a relational database to a Web of cyanobacteria synchronized with the NCBI
35. David Willians Beserra (Universidade Federal Rural de Pernambuco) 
Um Cluster Virtual Automatizado para Reuso de Recursos Ociosos em um Laboratório Universitário de Uso Geral
36. Eduardo Bezerra (CEFET/RJ) 
VI e-Science workshop (2012)
37. Eduardo Lacerda (Universidade Federal de Santa Catarina) 
Análise multi-espectral de galáxias: o banco de dados STARLIGHT/SDSS/GALEX/WISE
38. Eduardo Ogasawara (CEFET/RJ) 
VI e-Science workshop (2012)
39. Erik Aceiro Antonio (Universidade Federal de São Carlos (UFSCar)) 
Framework para Integração de Web Services em um Pipeline de Anotação de Sequências de Nova Geração
40. Evandro Ruiz (Universidade de São Paulo)
Estudo e aplicação de medidas de similaridade semântica na visualização das interações gênicas em Esquizofrenia
Avaliação topológica de redes gênicas de esquizofrenia usando abordagens de redes complexas
41. Fabienne A. Ferreira (Universidade Federal do Rio de Janeiro) 
Análise comparativa de isolados de Staphylococcus aureus resistentes à meticilina com diferentes padrões de expressão de biofilme
42. Fabio Andre Porto (LNCC)
Ambiente Computacional para Modelagem de Redes de Regulação Gênica
An Analytical Data Management as a Cloud Service for Numerical Simulations
Extending scientific workflows for managing hypotheses and models
VI e-Science workshop (2012)
43. Fábio Herpich (Universidade Federal de Santa Catarina)
Análise multi-espectral de galáxias: o banco de dados STARLIGHT/SDSS/GALEX/WISE
44. Flávia Gomes da Silva (Faculdade Anhanguera de Belo Horizonte) 
PERL script para busca de erros e não conformidades em um banco de dados biológico público
45. Francesco La Barbera (OAC/INAF)
Cosmobook - An Environment for Panoramic Photometry
A New Web Service for STARLIGHT
46. Glauber Vaz (Embrapa Informática Agropecuária) 
Um Modelo de Estrutura Organizacional em Plataformas de E-Science
47. Greice Mariano (Universidade Estadual de Campinas) 
Desenvolvimento de um modelo conceitual de um Banco de Dados para o Projeto e-phenology
48. Guadalupe Quispe Saji (LNCC) 
Identification of coding sequences with conflicting attributes in the complete genome of Klebsiella pneumoniae Kp13 using ProkSCAs Tool
49. Günther Gerhardt (Universidade de Caxias do Sul) 
Curvature, bendability, stability and nucleotide composition applied to E. coli s28 promoter prediction and recognition
50. Helena Cristina Gama Leitão (Universidade Federal Fluminense)
Impacto de Estratágias de Balanceamento no Problema de Classificação de Sítios de Splice
51. Ignacio Ferreras (MSSL/UCL)
A New Web Service for STARLIGHT
52. Israel dos Santos (Universidade Presbiteriana Mackenzie) 
CRAAM-SVO: Observatório Virtual Solar do Centro de Rádio Astronomia e Astrofísica Mackenzie
Um observatório solar virtual na era da e-Science
53. Ivaine Taís Sauthier Sartor (Universidade Federal do Rio Grande do Sul) 
Curvature, bendability, stability and nucleotide composition applied to E. coli s28 promoter prediction and recognition
54. Ivo Koga (University of Campinas) 
Integrating and processing events from Heterogeneous Data Sources
55. Jeroniza Marchaukoski (UFPR)
BioSom: Metodologia para identificação de sinônimos de genes utilizando Self Organizing Maps.
56. Joao Luiz Kohl-Moreira (Observatório Nacional - MCT) 
Cosmobook - An Environment for Panoramic Photometry
57. Jonas Dias (COPPE/UFRJ) 
Monitoramento em Tempo Real de Workflows Científicos Executados em Paralelo em Ambientes Distribuídos
58. Julliano Pintas (COPPE/UFRJ) 
Monitoramento em Tempo Real de Workflows Científicos Executados em Paralelo em Ambientes Distribuídos
59. Jurandy Almeida (Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
Desenvolvimento de um modelo conceitual de um Banco de Dados para o Projeto e-phenology
60. K. R. Otemaier (UFPR) 
BioSom: Metodologia para identificação de sinônimos de genes utilizando Self Organizing Maps.
61. Kary Ocaña (COPPE/UFRJ) 
Adaptive Evolution of Falcipain-Homologues in Plasmodium
Monitoramento em Tempo Real de Workflows Científicos Executados em Paralelo em Ambientes Distribuídos
62. Katia Lopes (Universidade Federal do Paraná) 
PERL script para busca de erros e não conformidades em um banco de dados biológico público
63. Laurent Galluccio (Observatoire de la Côte d'Azur) 
Pushing the limits of the Gaia space mission through the analysis of galaxy morphology
64. Leonor Morellato (Universidade Estadual Paulista "Júlio de Mesquista Filho")
Desenvolvimento de um modelo conceitual de um Banco de Dados para o Projeto e-phenology
65. Luiz da Costa (LIneA & ON) 
A web-based e-Science Analysis Center for large-collaboration astrophysics analysis. Application to the Dark Energy Survey
66. Luiz Gonzaga P. Almeida (Laboratório Nacional de Computação Científica) 
Análise comparativa de isolados de Staphylococcus aureus resistentes à meticilina com diferentes padrões de expressão de biofilme
67. Luiz Neves (Federal University of Parana - UFPR) 
Ferramenta Computacional para Coleta e Análise de dados Laboratoriais de Enteropatógenos
68. Lulu Wu (University of São Paulo) 
Estudo e aplicação de medidas de similaridade semântica na visualização das interações gênicas em Esquizofrenia
69. Maiana Costa (Laboratório Nacional de Computação Científica) 
Análise comparativa de isolados de Staphylococcus aureus resistentes à meticilina com diferentes padrões de expressão de biofilme
70. Marcelo Alves (Fiocruz) 
Ambiente Computacional para Modelagem de Redes de Regulação Gênica
71. Marcio Maia (Observatorio Nacional)
A web-based e-Science Analysis Center for large-collaboration astrophysics analysis. Application to the Dark Energy Survey
72. Maria Claudia Cavalcanti (Instituto Militar de Engenharia)
VI e-Science workshop (2012)
73. Maria Paula Schneider (Universidade Federal do Pará) 
Modeling a relational database to a Web of cyanobacteria synchronized with the NCBI
74. Marie-France Sagot (INRIA & University Lyon 1) 
Regiões de plasticidade genômica e reconstrução metabólica in silico de um isolado clínico de Klebsiella pneumoniae causador de surto hospitalar
75. Mariel Andrade (UFRPE) 
Um Cluster Virtual Automatizado para Reuso de Recursos Ociosos em um Laboratório Universitário de Uso Geral
76. Marina Trevisan (Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais) 
Cosmobook - An Environment for Panoramic Photometry
A New Web Service for STARLIGHT
77. Marisa Nicolás (LNCC)
SNPs detection in Klebsiella pneumoniae
Identification of coding sequences with conflicting attributes in the complete genome of Klebsiella pneumoniae Kp13 using ProkSCAs Tool
Regiões de plasticidade genômica e reconstrução metabólica in silico de um isolado clínico de Klebsiella pneumoniae causador de surto hospitalar
VI e-Science workshop (2012)
78. Marta Mattoso (COPPE/UFRJ)
Adaptive Evolution of Falcipain-Homologues in Plasmodium
Monitoramento em Tempo Real de Workflows Científicos Executados em Paralelo em Ambientes Distribuídos
79. Matheus Franco (IFSULDEMINAS)
Identificação de tandem repeats no dermatófito Trichophyton Rubrum
80. Maurício Bacci Júnior (Unesp)
Framework para Integração de Web Services em um Pipeline de Anotação de Sequências de Nova Geração
81. Mauricio Cantão (University of São Paulo) 
Identification of coding sequences with conflicting attributes in the complete genome of Klebsiella pneumoniae Kp13 using ProkSCAs Tool
82. Maurício Egídeo Cantão (EMBRAPA Suínos e Aves) 
SNPs detection in Klebsiella pneumoniae
83. Milene Ferro (Universidade Estadual Paulista "Júlio de Mesquita Filho") 
Framework para Integração de Web Services em um Pipeline de Anotação de Sequências de Nova Geração
84. Nicholas C. B. Lima (Laboratório Nacional de Computação Científica) 
Análise comparativa de isolados de Staphylococcus aureus resistentes à meticilina com diferentes padrões de expressão de biofilme
85. Nicholas Lima (Laboratório Nacional de Computação Científica) 
SNPs detection in Klebsiella pneumoniae
86. Nilson Coimbra (Universidade Federal do Pará) 
Autoassembly: Uma ferramenta para automação do processo de montagem de genomas procariotos
87. Omar Nizan (Universidade Mackenzie) 
CRAAM-SVO: Observatório Virtual Solar do Centro de Rádio Astronomia e Astrofísica Mackenzie
Um observatório solar virtual na era da e-Science
88. Omar Vilela Neto (Universidade Federal de Minas Gerais) 
NanoTrack - Sistema Inteligente de Gerenciamento de Dados de Síntese de Nanoestruturas de Dados de Síntese de Nanoestruturas
89. Pablo Ramos (Laboratório Nacional de Computação Científica) 
Regiões de plasticidade genômica e reconstrução metabólica in silico de um isolado clínico de Klebsiella pneumoniae causador de surto hospitalar
90. Pablo Sá (Universidade Federal do Pará) 
Autoassembly: Uma ferramenta para automação do processo de montagem de genomas procariotos
91. Panagiotis Gavras (Observatoire de Paris) 
Pushing the limits of the Gaia space mission through the analysis of galaxy morphology
92. Patricia Egeland (Observatório Nacional) 
A web-based e-Science Analysis Center for large-collaboration astrophysics analysis. Application to the Dark Energy Survey
93. Paulo Batista (Universidade Federal de Minas Gerais) 
NanoTrack - Sistema Inteligente de Gerenciamento de Dados de Síntese de Nanoestruturas de Dados de Síntese de Nanoestruturas
94. Paulo Penteado (Universidade de São Paulo)
Efficient databases for hyperspectral observations by array processing
Perceptually uniform colormaps for data visualization
95. Poliana Giachetto (Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - Embrapa) 
Um Modelo de Estrutura Organizacional em Plataformas de E-Science
96. Priscila Portela (Universidade de Caxias do Sul) 
Curvature, bendability, stability and nucleotide composition applied to E. coli s28 promoter prediction and recognition
97. Ramachrisna Teixeira (IAG/Universidade de São Paulo) 
Pushing the limits of the Gaia space mission through the analysis of galaxy morphology
98. Ramon Costa (LNCC) 
An Analytical Data Management as a Cloud Service for Numerical Simulations
Ambiente Computacional para Modelagem de Redes de Regulação Gênica
99. Regiane Kawasaki (Universidade Federal do Pará) 
Modeling a relational database to a Web of cyanobacteria synchronized with the NCBI
100. Reinaldo de Carvalho (INPE) 
Cosmobook - An Environment for Panoramic Photometry
A New Web Service for STARLIGHT
101. Ricardo Ogando (ON-MCTI & LIneA) 
A web-based e-Science Analysis Center for large-collaboration astrophysics analysis. Application to the Dark Energy Survey
102. Ricardo Torres (Unicamp) 
Desenvolvimento de um modelo conceitual de um Banco de Dados para o Projeto e-phenology
103. Roberto Cid Fernandes (Universidade Federal de Santa Catarina) 
Análise multi-espectral de galáxias: o banco de dados STARLIGHT/SDSS/GALEX/WISE
A New Web Service for STARLIGHT
104. Roberto Costa Filho (Universidade de São Paulo) 
Estudo e aplicação de medidas de similaridade semântica na visualização das interações gênicas em Esquizofrenia
105. Roberto Tadeu Raittz (Federal University of Parana) 
BioSom: Metodologia para identificação de sinônimos de genes utilizando Self Organizing Maps.
106. Rodrigo A. da Rocha (UFPR)
Ferramenta Computacional para Coleta e Análise de dados Laboratoriais de Enteropatógenos
107. Rodrigo Resende (UFPR) 
Ferramenta Computacional para Coleta e Análise de dados Laboratoriais de Enteropatógenos
108. Rommel Thiago Ramos (IESAM) 
Autoassembly: Uma ferramenta para automação do processo de montagem de genomas procariotos
109. Sandra dos Anjos (IAG/Universidade de São Paulo)
Pushing the limits of the Gaia space mission through the analysis of galaxy morphology
110. Sandro Renato Dias (Universidade Federal de Minas Gerais)
PERL script para busca de erros e não conformidades em um banco de dados biológico público
111. Scheila de Avila e Silva (Universidade de Caxias do Sul)
Curvature, bendability, stability and nucleotide composition applied to E. coli s28 promoter prediction and recognition
112. Sergio Campos (Universidade Federal de Minas Gerais) 
NanoTrack - Sistema Inteligente de Gerenciamento de Dados de Síntese de Nanoestruturas de Dados de Síntese de Nanoestruturas
113. Sério Echeverrigaray (Universidade de Caxias do Sul) 
Curvature, bendability, stability and nucleotide composition applied to E. coli s28 promoter prediction and recognition
114. Silvia Massruhá (EMBRAPA)
Um Modelo de Estrutura Organizacional em Plataformas de E-Science
115. Tahila Andrighetti (Universidade de Caxias do Sul) 
Curvature, bendability, stability and nucleotide composition applied to E. coli s28 promoter prediction and recognition
116. Tercia Torres (Embrapa Informática Agropecuária) 
Um Modelo de Estrutura Organizacional em Plataformas de E-Science
117. Terumi Kamada (Federal University of Parana) 
Ferramenta Computacional para Coleta e Análise de dados Laboratoriais de Enteropatógenos
118. Thamara Andrade (Universidade Federal de Minas Gerais) 
NanoTrack - Sistema Inteligente de Gerenciamento de Dados de Síntese de Nanoestruturas de Dados de Síntese de Nanoestruturas
119. Vanessa Braganholo (UFF) 
VI e-Science workshop (2012)
120. Vinicius F. Correa (UFPR) 
Ferramenta Computacional para Coleta e Análise de dados Laboratoriais de Enteropatógenos
121. Vitor Santos (Universidade Federal do Pará) 
Modeling a relational database to a Web of cyanobacteria synchronized with the NCBI
122. Walbert Nascimento (Universidade Federal do Pará - UFPA) 
Modeling a relational database to a Web of cyanobacteria synchronized with the NCBI
123. Walter Abrahão Dos Santos (INPE The Brazilian Institute for Space Research)
CloudSatCD um Ambiente de e-Engineering em Nuvem para o Projeto Conceitual de Satélites
A New Web Service for STARLIGHT
124. Wélliton Souza (Universidade Estadual Paulista "Júlio de Mesquita Filho") 
Framework para Integração de Web Services em um Pipeline de Anotação de Sequências de Nova Geração
125. William Schoenell (CSIC-IAA) 
Análise multi-espectral de galáxias: o banco de dados STARLIGHT/SDSS/GALEX/WISE
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