CSBC 2012
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VI Workshop de e-Science

As últimas décadas têm testemunhado uma revolução na maneira como a Ciência e as Engenharias vêm sendo conduzidas. Em particular, a Computação apresentou-se como uma terceira abordagem para a pesquisa, em complemento às tradicionais abordagens teórica e experimental.

Na medida em que novos instrumentos permitem avanços significativos em áreas como a Astronomia, Biologia, Física e Ecologia, sistemas computacionais colocam-se no caminho crítico do processo científico. Naturalmente, a necessidade de apoio no uso de tais instrumentos e processos computacionais derivados impulsiona fortemente o desenvolvimento de sistemas computacionais. Em paralelo à pesquisa in-silico, simulações computacionais apresentam-se como um novo ator no processo científico. Simulações são utilizadas em diversas áreas na qual a observação de fenômenos se mostra dispendiosa, como no caso de perfuração de poços de petróleo, ou invasivas, como no caso da neurociência. Em ambos os casos, o desenvolvimento da Ciência da Computação no suporte à Ciência se mostra fundamental e indiscutível.

Avanços recentes nas áreas de Engenharia de Software, Bancos de Dados, Bioinformática e Sistemas Distribuídos, incluindo ontologias, modelagem de workflows e processos científicos, serviços web semânticos, gerência de componentes de software, computação em nuvem e em grid, proveniência de dados, "curagem" de dados (data curation), algoritmos de alinhamento e de bioinformática, dentre outros, representam contribuições da Computação para os desafios da ciência computacional. Estas e outras iniciativas na área de Ciência da Computação têm sido coletivamente identificadas como e-Ciência (do inglês e-Science). A importância do tema pode ser verificada no grande número de projetos de pesquisa e inovação nas esferas nacional e internacional.

O VI e-Science Workshop tem por objetivo reunir trabalhos nas áreas de bancos de dados, engenharia de software, astronomia, bioinformática e sistemas distribuídos servindo de base para o desenvolvimento de uma infraestrutura de suporte à Ciência, ao ciclo experimental e simulações computacionais. O tema do Workshop faz parte do direcionamento de pesquisa organizado pela Sociedade Brasileira de Computação (SBC) e reportado no documento Grandes Desafios da Pesquisa em Computação no Brasil 2006 a 2016.

O e-Science Workshop funciona como o principal fórum brasileiro para apresentações e discussões entre membros da comunidade de e-Ciência. O evento estimula a criação de parcerias em pesquisas e o desenvolvimento de produtos e ferramentas tendo como alvo aplicações de e-Ciência. As três edições iniciais do evento foram realizadas junto aos Simpósios Brasileiros de Banco de Dados e Engenharia de Software (SBBD/SBES), de maneira que várias parcerias entre grupos dessas áreas nasceram como fruto de tais encontros. A partir da quarta edição, este evento vem fazendo parte do CSBC, o que oferece maior visibilidade à comunidade de Computação. Na quinta edição, foi observado um aumento no interesse pelo evento, principalmente proveniente das áreas fim.

Em função da evolução observada nas edições passadas, nesta sexta edição do Workshop e-Science haverá três trilhas. Duas delas são trilhas específicas para áreas fim, uma para Bioinformática e outra para Astronomia. A aproximação com pesquisadores dessas áreas da ciência visa a estreitar o relacionamento entre os participantes das diversas áreas. Ademais, essa aproximação propicia a identificação de demandas relativas à infraestrutura computacional sob o ponto de vista das áreas fim. A terceira é a trilha principal de e-Science, focada em computação, já tradicional em outras edições do workshop.

Coordenadores

Eduardo Bezerra – CEFET/RJ
Eduardo Ogasawara – CEFET/RJ

Comitê de Programa

Artigos (Título,Autor)

1. A New Web Service for STARLIGHT
Marina Trevisan (Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais)
Walter Abrahão Dos Santos (INPE The Brazilian Institute for Space Research)
Reinaldo de Carvalho (INPE)
Roberto Cid Fernandes (Universidade Federal de Santa Catarina)
Francesco La Barbera (OAC/INAF)
Ignacio Ferreras (MSSL/UCL)
2. A web-based e-Science Analysis Center for large-collaboration astrophysics analysis. Application to the Dark Energy Survey
Ricardo Ogando (ON-MCTI & LIneA)
Luiz da Costa (LIneA & ON)
Angelo Fausti Neto (Observatório Nacional)
Christophe Benoist (OCA)
Patricia Egeland (Observatório Nacional)
Marcio Maia (Observatorio Nacional)
3. Adaptive Evolution of Falcipain-Homologues in Plasmodium
Kary Ocaña (COPPE/UFRJ)
Daniel de Oliveira (COPPE/UFRJ)
Marta Mattoso (COPPE/UFRJ)
4. Ambiente Computacional para Modelagem de Redes de Regulação Gênica
Raquel Costa (LNCC)
Marcelo Alves (Fiocruz)
Fabio Andre Porto (LNCC)
5. An Analytical Data Management as a Cloud Service for Numerical Simulations
Ramon Costa (LNCC)
Fabio Andre Porto (LNCC)
Bruno Schulze (LNCC)
6. Análise comparativa de isolados de Staphylococcus aureus resistentes à meticilina com diferentes padrões de expressão de biofilme
Maiana Costa (Laboratório Nacional de Computação Científica)
Luiz Gonzaga P. Almeida (Laboratório Nacional de Computação Científica)
Ana Tereza Vasconcelos (Laboratório Nacional de Computação Científica)
Nicholas C. B. Lima (Laboratório Nacional de Computação Científica)
Fabienne A. Ferreira (Universidade Federal do Rio de Janeiro)
Cristiana O. Beltrame (Universidade Federal do Rio de Janeiro)
7. Análise multi-espectral de galáxias: o banco de dados STARLIGHT/SDSS/GALEX/WISE
André Amorim (Universidade Federal de Santa Catarina)
Eduardo Lacerda (Universidade Federal de Santa Catarina)
Abílio Mateus (Universidade Federal de Santa Catarina)
William Schoenell (CSIC-IAA)
Roberto Cid Fernandes (Universidade Federal de Santa Catarina)
Fábio Herpich (Universidade Federal de Santa Catarina)
8. Autoassembly: Uma ferramenta para automação do processo de montagem de genomas procariotos
Nilson Coimbra (Universidade Federal do Pará)
Alex Lima (Universidade Federal do Pará)
Pablo Sá (Universidade Federal do Pará)
Rommel Thiago Ramos (IESAM)
Artur Silva (Universidade Federal do Pará)
9. Avaliação topológica de redes gênicas de esquizofrenia usando abordagens de redes complexas
Amanda Sayuri Guimarães (University of São Paulo)
Evandro Ruiz (Universidade de São Paulo)
10. BioSom: Metodologia para identificação de sinônimos de genes utilizando Self Organizing Maps.
K. R. Otemaier (UFPR)
Berenice Steffens (UFPR)
Roberto Tadeu Raittz (Federal University of Parana)
Jeroniza Marchaukoski (UFPR)
11. CloudSatCD um Ambiente de e-Engineering em Nuvem para o Projeto Conceitual de Satélites
Alex Barbosa Bastos (Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais (INPE))
Walter Abrahão Dos Santos (INPE The Brazilian Institute for Space Research)
12. Cosmobook - An Environment for Panoramic Photometry
Reinaldo de Carvalho (INPE)
Joao Luiz Kohl-Moreira (Observatório Nacional - MCT)
Claudinei Walker Silva (National Institute for Space Research)
Cesar Strauss (DAS/INPE MCT)
Marina Trevisan (Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais)
Francesco La Barbera (OAC/INAF)
13. CRAAM-SVO: Observatório Virtual Solar do Centro de Rádio Astronomia e Astrofísica Mackenzie
Israel dos Santos (Universidade Presbiteriana Mackenzie)
Omar Nizan (Universidade Mackenzie)
Adriana Valio (Universidade Presbiteriana Mackenzie)
14. Curvature, bendability, stability and nucleotide composition applied to E. coli s28 promoter prediction and recognition
Tahila Andrighetti (Universidade de Caxias do Sul)
Priscila Portela (Universidade de Caxias do Sul)
Ivaine Taís Sauthier Sartor (Universidade Federal do Rio Grande do Sul)
Günther Gerhardt (Universidade de Caxias do Sul)
Sério Echeverrigaray (Universidade de Caxias do Sul)
Scheila de Avila e Silva (Universidade de Caxias do Sul)
15. Desenvolvimento de um modelo conceitual de um Banco de Dados para o Projeto e-phenology
Greice Mariano (Universidade Estadual de Campinas)
Jurandy Almeida (Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
Ricardo Torres (Unicamp)
Bruna Alberton (Universidade Estadual Paulista "Júlio de Mesquista Filho")
Leonor Morellato (Universidade Estadual Paulista "Júlio de Mesquista Filho")
16. Efficient databases for hyperspectral observations by array processing
Paulo Penteado (Universidade de São Paulo)
17. Estudo e aplicação de medidas de similaridade semântica na visualização das interações gênicas em Esquizofrenia
Lulu Wu (University of São Paulo)
Roberto Costa Filho (Universidade de São Paulo)
Evandro Ruiz (Universidade de São Paulo)
18. Extending scientific workflows for managing hypotheses and models
Bernardo Gonçalves (LNCC)
Fabio Andre Porto (LNCC)
Ana Maria de Carvalho Moura (LNCC/RJ)
19. Ferramenta Computacional para Coleta e Análise de dados Laboratoriais de Enteropatógenos
Luiz Neves (Federal University of Parana - UFPR)
Terumi Kamada (Federal University of Parana)
Alan C. Ignacio (UFPR)
Rodrigo Resende (UFPR)
Vinicius F. Correa (UFPR)
Rodrigo A. da Rocha (UFPR)
20. Framework para Integração de Web Services em um Pipeline de Anotação de Sequências de Nova Geração
Milene Ferro (Universidade Estadual Paulista "Júlio de Mesquita Filho")
Wélliton Souza (Universidade Estadual Paulista "Júlio de Mesquita Filho")
Erik Aceiro Antonio (Universidade Federal de São Carlos (UFSCar))
Maurício Bacci Júnior (Unesp)
21. Identificação de tandem repeats no dermatófito Trichophyton Rubrum
Matheus Franco (IFSULDEMINAS)
22. Identification of coding sequences with conflicting attributes in the complete genome of Klebsiella pneumoniae Kp13 using ProkSCAs Tool
Guadalupe Quispe Saji (LNCC)
Mauricio Cantão (University of São Paulo)
Marisa Nicolás (LNCC)
23. Impacto de Estratágias de Balanceamento no Problema de Classificação de Sítios de Splice
Claudia Varassin (Universidade federal Espirito Santo (UFES)/ Universidade Federal Fluminense)
Alexandre Plastino (Universidade Federal Fluminense)
Bianca Zadrozny (IBM Research Brazil)
Helena Cristina Gama Leitão (Universidade Federal Fluminense)
24. Integrating and processing events from Heterogeneous Data Sources
Ivo Koga (University of Campinas)
Claudia Bauzer Medeiros (IC-UNICAMP)
25. Modeling a relational database to a Web of cyanobacteria synchronized with the NCBI
Vitor Santos (Universidade Federal do Pará)
Walbert Nascimento (Universidade Federal do Pará - UFPA)
Regiane Kawasaki (Universidade Federal do Pará)
Maria Paula Schneider (Universidade Federal do Pará)
Danielle Couto (Universidade Federal do Pará)
26. Monitoramento em Tempo Real de Workflows Científicos Executados em Paralelo em Ambientes Distribuídos
Julliano Pintas (COPPE/UFRJ)
Daniel de Oliveira (COPPE/UFRJ)
Kary Ocaña (COPPE/UFRJ)
Jonas Dias (COPPE/UFRJ)
Marta Mattoso (COPPE/UFRJ)
27. NanoTrack - Sistema Inteligente de Gerenciamento de Dados de Síntese de Nanoestruturas de Dados de Síntese de Nanoestruturas
André Silva (Universidade Federal de Minas Gerais)
Paulo Batista (Universidade Federal de Minas Gerais)
Thamara Andrade (Universidade Federal de Minas Gerais)
Omar Vilela Neto (Universidade Federal de Minas Gerais)
Sergio Campos (Universidade Federal de Minas Gerais)
Alessandra Faria-Campos (Universidade Federal de Minas Gerais)
28. Perceptually uniform colormaps for data visualization
Paulo Penteado (Universidade de São Paulo)
29. PERL script para busca de erros e não conformidades em um banco de dados biológico público
Katia Lopes (Universidade Federal do Paraná)
Flávia Gomes da Silva (Faculdade Anhanguera de Belo Horizonte)
Sandro Renato Dias (Universidade Federal de Minas Gerais)
30. Pushing the limits of the Gaia space mission through the analysis of galaxy morphology
Alberto Krone-Martins (Universidade de Lisboa)
Christine Ducourant (LAB/Université de Bordeaux)
Ramachrisna Teixeira (IAG/Universidade de São Paulo)
Laurent Galluccio (Observatoire de la Côte d'Azur)
Panagiotis Gavras (Observatoire de Paris)
Sandra dos Anjos (IAG/Universidade de São Paulo)
31. Regiões de plasticidade genômica e reconstrução metabólica in silico de um isolado clínico de Klebsiella pneumoniae causador de surto hospitalar
Pablo Ramos (Laboratório Nacional de Computação Científica)
Cecília Klein (INRIA Rhône?Alpes, UMR 5558 Biométrie et Biologie Évolutive, Université Claude Bernard, Ly)
Ana Gales (Laboratório Especial de Microbiologia Clínica, Disciplina de Doenças Infecciosas e Parasitárias)
Ana Tereza Vasconcelos (Laboratório Nacional de Computação Científica)
Marie-France Sagot (INRIA & University Lyon 1)
Marisa Nicolás (LNCC)
32. SNPs detection in Klebsiella pneumoniae
Nicholas Lima (Laboratório Nacional de Computação Científica)
Maurício Egídeo Cantão (EMBRAPA Suínos e Aves)
Marisa Nicolás (LNCC)
33. Um Cluster Virtual Automatizado para Reuso de Recursos Ociosos em um Laboratório Universitário de Uso Geral
David Willians Beserra (Universidade Federal Rural de Pernambuco)
Alexandre Borba (UFRPE - Universidade Federal Rural de Pernambuco)
Mariel Andrade (UFRPE)
Alberto E. P. de Araujo (Universidade Federal Rural de Pernambuco)
34. Um Modelo de Estrutura Organizacional em Plataformas de E-Science
Glauber Vaz (Embrapa Informática Agropecuária)
Tercia Torres (Embrapa Informática Agropecuária)
Poliana Giachetto (Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - Embrapa)
Silvia Massruhá (EMBRAPA)
35. Um observatório solar virtual na era da e-Science
Israel dos Santos (Universidade Presbiteriana Mackenzie)
Omar Nizan (Universidade Mackenzie)
Adriana Valio (Universidade Presbiteriana Mackenzie)
36. Unsupervised photometric membership assignment in stellar clusters
Alberto Krone-Martins (Universidade de Lisboa)
André Moitinho de Almeida (Universidade de Lisboa)
37. VI e-Science workshop (2012)
Eduardo Bezerra (CEFET/RJ)
Eduardo Ogasawara (CEFET/RJ)
Fabio Andre Porto (LNCC)
Marisa Nicolás (LNCC)
Vanessa Braganholo (UFF)
Maria Claudia Cavalcanti (Instituto Militar de Engenharia)
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