VI workshop de e-Science
As últimas décadas têm testemunhado uma revolução na maneira como a Ciência e as Engenharias vêm sendo conduzidas. Em particular, a Computação apresentou-se como uma terceira abordagem para a pesquisa, em complemento às tradicionais abordagens teórica e experimental.
Na medida em que novos instrumentos permitem avanços significativos em áreas como a Astronomia, Biologia, Física e Ecologia, sistemas computacionais colocam-se no caminho crítico do processo científico. Naturalmente, a necessidade de apoio no uso de tais instrumentos e processos computacionais derivados impulsiona fortemente o desenvolvimento de sistemas computacionais. Em paralelo à pesquisa in-silico, simulações computacionais apresentam-se como um novo ator no processo científico. Simulações são utilizadas em diversas áreas na qual a observação de fenômenos se mostra dispendiosa, como no caso de perfuração de poços de petróleo, ou invasivas, como no caso da neurociência. Em ambos os casos, o desenvolvimento da Ciência da Computação no suporte à Ciência se mostra fundamental e indiscutível.
Avanços recentes nas áreas de Engenharia de Software, Bancos de Dados, Bioinformática e Sistemas Distribuídos, incluindo ontologias, modelagem de workflows e processos científicos, serviços web semânticos, gerência de componentes de software, computação em nuvem e em grid, proveniência de dados, "curagem" de dados (data curation), algoritmos de alinhamento e de bioinformática, dentre outros, representam contribuições da Computação para os desafios da ciência computacional. Estas e outras iniciativas na área de Ciência da Computação têm sido coletivamente identificadas como e-Ciência (do inglês e-Science). A importância do tema pode ser verificada no grande número de projetos de pesquisa e inovação nas esferas nacional e internacional.
O VI e-Science Workshop tem por objetivo reunir trabalhos nas áreas de bancos de dados, engenharia de software, astronomia, bioinformática e sistemas distribuídos servindo de base para o desenvolvimento de uma infraestrutura de suporte à Ciência, ao ciclo experimental e simulações computacionais. O tema do Workshop faz parte do direcionamento de pesquisa organizado pela Sociedade Brasileira de Computação (SBC) e reportado no documento Grandes Desafios da Pesquisa em Computação no Brasil 2006 a 2016.
O e-Science Workshop funciona como o principal fórum brasileiro para apresentações e discussões entre membros da comunidade de e-Ciência. O evento estimula a criação de parcerias em pesquisas e o desenvolvimento de produtos e ferramentas tendo como alvo aplicações de e-Ciência. As três edições iniciais do evento foram realizadas junto aos Simpósios Brasileiros de Banco de Dados e Engenharia de Software (SBBD/SBES), de maneira que várias parcerias entre grupos dessas áreas nasceram como fruto de tais encontros. A partir da quarta edição, este evento vem fazendo parte do CSBC, o que oferece maior visibilidade à comunidade de Computação. Na quinta edição, foi observado um aumento no interesse pelo evento, principalmente proveniente das áreas fim.
Em função da evolução observada nas edições passadas, nesta sexta edição do Workshop e-Science haverá três trilhas. Duas delas são trilhas específicas para áreas fim, uma para Bioinformática e outra para Astronomia. A aproximação com pesquisadores dessas áreas da ciência visa a estreitar o relacionamento entre os participantes das diversas áreas. Ademais, essa aproximação propicia a identificação de demandas relativas à infraestrutura computacional sob o ponto de vista das áreas fim. A terceira é a trilha principal de e-Science, focada em computação, já tradicional em outras edições do workshop. O workshop acontecerá nos dias 16 e 17 de julho, e as datas das trilhas são a apresentadas abaixo.
- 16/julho - trilhas de bioinformática e astronomia
- 17/julho - trilha principal
Tópicos de interesse
As atividades no workshop compreendem a apresentação de trabalhos completos, trabalhos em andamento, resumos, além de palestras convidadas e mesas-redondas, distribuídas ao longo de 2 (dois) dias do CSBC. Os tópicos de interesse do VI e-Science Workshop incluem (mas não estão limitados a) os listados abaixo:
Trilha Principal
- Infrastructure for e-Science applications
- e-Science workflow management
- Ontologies and databases for e-Science
- Data Models for scientific data
- Data and process provenance
- Collaborative Science Models and Techniques
- Data Access Management
- Virtual e-Science Organizations
- Service-Oriented Grid Architectures
- Grid economy and Business Models
- Autonomic, Real-Time and Self-Organizing Grids
- Web semantics for e-Science
- Enabling Technologies for e-Science: Internet and Web Services
- e-Science Experimentation Environments
- Experimentation processes for science in large scale
Trilha de Bioinformática
- Next Generation Sequencing Analysis
- Structural Bioinformatics
- Scientific data management and data mining
- Web Services in Bioinformatics
- Algorithms and Software Tools
- Pattern Recognition, Clustering and Classification
- Computational genomics and other related fields
Trilha de Astronomia
- Advanced and emerging architectures for astronomical computing
- Environments for Stellar Population Analysis
- Tools for collaboration networks in astronomy
- Advanced algorithms for astronomical data processing
- Panoramic Photometry in the PB Era
- Workflows for exploration of astronomical datasets
- Data mining methods
- Storage and Visualization of Cosmological Simulations
- Astronomy data management
- Query Processing over huge astronomy databases
Palestrantes convidados (keynote speakers)
Anastasia Ailamaki
A palestrante convidada da trilha principal do VI workshop de e-Science é a prof. Anastasia Ailamaki do laboratório DIAS. Ela irá realizar sua apresentação durante a trilha principal do workshop no dia 17 de julho de 2012.
Anastasia Ailamaki
EPFL/IC/IIF/DIAS
Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne
Título: Scientific Data Management: Not your everyday transaction
Resumo: Today's scientific processes heavily depend on fast and accurate analysis of experimental data. Scientists are routinely overwhelmed by the effort needed to manage the volumes of data produced either by observing phenomena or by sophisticated simulations. As database systems have proven inefficient, inadequate, or insufficient to meet the needs of scientific applications, the scientific community typically uses special-purpose legacy software. When compared to a general-purpose DBMS, however, application-specific systems require more resources to maintain, and in order to achieve acceptable performance they often sacrifice data independence and hinder the reuse of knowledge. With the exponential growth of dataset sizes, data management technology are no longer luxury; they are the sole solution for scientific applications. In this talk, I will discuss some of the work from teams around the world and the requirements of their applications, as well as how these translate to challenges for the data management community. Finally I will present some of the data management challenges that lie ahead in domain sciences.
Aristóteles Góes-Neto
O palestrante convidado da trilha de Bioinformática do VI workshop de e-Science é o prof. Aristóteles Góes-Neto do Laboratório de Pesquisa em Microbiologia (LAPEM), Universidade Estadual de Feira de Santana (UEFS) e atualmente Pesquisador Visitante do CEBio – Centro de Excelência em Bioinformática (FIOCRUZ-MG). Ele irá realizar sua apresentação no dia 16 de julho de 2012.
Prof. Dr. Aristóteles Góes-Neto
Laboratório de Pesquisa em Microbiologia (LAPEM)), UEFS (BA).
Centro de Excelência em Bioinformática (FIOCRUZ-MG).
Título: Biologia Sintética
Resumo: A Biologia Sintética é um campo de conhecimento interdisciplinar que envolve o design de sistemas biológicos complexos a partir de componentes biológicos pré-existentes ou novos para as mais diversas aplicações tecnológicas. Nesta palestra serão apresentados os princípios básicos, as principais ferramentas teóricas e experimentais e as inter-relações da Biologia Sintética com a Ciência da Computação, mais especificamente, Microeletrônica, e com a Bioinformática.
David Schade
O palestrante convidado da trilha de Astronomia do VI workshop de e-Science é o prof. David Schade, líder do grupo do Canadian Astronomy Data Centre (CADC). Ele irá realizar sua apresentação no dia 16 de julho de 2012.
Prof. Dr. David Schade
Canadian Astronomy Data Centre (CADC)
Title: Big Data, the Virtual Observatory, and Cloud Computing
Abstract: Astronomy shares many of the same challenges with other fields of research. Big data; Complex, inhomogeneous, and distributed data; Rising costs and the exhaustion of physical capacity for computing hardware. Big data is a blessing because it represents an increase in the power of the scientific process. But it is a curse because it taxes the ability of existing systems for data storage, processing, and transport. The ambitious goal of the Virtual Observatory movement is to provide scientists with an integrated view of complex and distributed data and services. The problem of capacity can be solved through the use of high-performance computing (or grid) infrastructure configured as a cloud. These problems will be discussed from the point of view of astronomy with emphasis on the work of the International Virtual Observatory Alliance and the Canadian Advanced Network for Astronomical Research.
Submissões
Serão aceitas submissões de trabalhos completos, trabalhos em andamento e resumos. O formato dos artigos será o da SBC. Todos os artigos submetidos devem estar no formato PDF e poderão ser escritos em português ou inglês. As regras para submissão são as seguintes:
- Trabalho Completo (apenas para a trilha principal). Trabalhos concluídos sobre pesquisas realizadas em um dos tópicos de interesse. Estes trabalhos terão um limite de 8 páginas.
- Trabalho em Andamento (apenas para a trilha principal). Trabalhos ainda não concluídos, mas já com ideias relevantes a serem discutidas e preferencialmente com resultados preliminares. Estes trabalhos terão um limite de 4 páginas.
- Resumo (apenas para as trilhas de astronomia ou bioinformática). Limitado a 1 página.
Todas as submissões serão revisadas de acordo com os seguintes critérios: adequação ao escopo do workshop, relevância, qualidade técnica, originalidade e clareza. Para trabalhos em andamento, resultados são desejáveis, mas não necessários. Os trabalhos completos e os trabalhos em andamento devem possuir uma seção descrevendo trabalhos relacionados. Todos os trabalhos serão revisados por pares e os selecionados serão publicados nos anais do evento, devendo ser apresentados durante o workshop.
A submissão dos trabalhos será exclusivamente eletrônica por meio do sistema JEMS.
Datas importantes
- Prazo final para a submissão de trabalhos: 30 de abril de 2012.
- Notificação preliminar de aceitação com sugestão de correções: 07 de junho de 2012.
- Prazo para entrega da versão final: 13 de junho de 2012.
* Serão incluídos na programação definitiva e publicados apenas os trabalhos com versão final entregue, pelo menos um co-autor já inscrito no evento e com termo de cessão de direitos à SBC devidamente assinado.
Edição especial para Concurrency and Computation
Esta edição é destinada aos melhores trabalhos do VI eScience Workshop 2012 (apenas para trilha principal).Os editores da edição especial são o Fabio Porto e o Eduardo Ogasawara.
Os manuscritos da edição especial devem ser submetidos até 30 de setembro de 2012.
A notificação de aceitação e revisão dos comentários deve ser fornecida até 30 de novembro de 2012.
Versão final em 30 de janeiro de 2013.
A publicação eletrônica é feita quatro meses após a submissão final dos papers.
Existe um limite de 18-20 páginas (tamanho de fonte 12, espaçamento único e já incluídas as figuras / tabelas)
A editora Wiley tem modelos para Latex, mas nenhum modelo padrão para Word. A maioria dos papers são submetidos em Word. Aceita-se tanto texto em Latex quanto em Word.
Organização
Patrocínio
- Sociedade Brasileira de Computação (SBC)
Comitê diretivo
- Eduardo Bezerra – CEFET/RJ
- Eduardo Ogasawara – CEFET/RJ
- Fabio Porto - LNCC
- Maria Claudia Cavalcanti – IME-RJ
- Marisa Fabiana Nicolas - LNCC
- Vanessa Braganholo – IC-UFF
Comitê de programa
| Membro | Trilha Principal | Trilha Astronomia | Trilha Bioinformática |
| Alberto Krone-Martins - Univ. Lisboa | X | ||
| Alcione Oliveira - UFV | X | X | |
| Alexandre Plastino - UFF | X | X | X |
| Ana Maria de Carvalho Moura - LNCC/RJ | X | ||
| Antônio Tadeu Azevedo Gomes - LNCC/RJ | X | X | |
| Bruno Schulze - LNCC/RJ | X | X | |
| Claudia Monteiro-Vitorello - ESALQ/USP | X | X | |
| Claudia Bauzer Medeiros - IC-UNICAMP | X | ||
| Duncan Ruiz - PUC-RS | X | X | X |
| Esther Pacitti - INRIA & LIRMM | X | ||
| Fabio Andre Porto - LNCC | X | X | X |
| Fernanda Baiao - UNIRIO | X | ||
| Fernanda Campos - UFJF | X | X | |
| Francois Artiguenave - CEA | X | ||
| Gabriel Fernandes - UCB | X | ||
| Gilberto Z. Pastorello - Univ. of Alberta | X | ||
| Helena Cristina Gama Leitão - UFF | X | X | |
| João Carlos Setubal - USP | X | ||
| João Eduardo Ferreira - IME/USP | X | X | |
| Jonice Oliveira - DCC/IM/UFRJ | X | X | X |
| José Antonio Macêdo - UFC | X | ||
| Kary Ocaña - COPPE/UFRJ | X | ||
| Laurent Dardenne - LNCC/RJ | X | ||
| Leonardo Murta - UFF | X | ||
| Luciano Digiampietri - USP | X | X | |
| Marcio Maia - ON | X | ||
| Marcos Gonçalves -UFMG | X | X | X |
| Maria Claudia Cavalcanti - IME | X | X | |
| Maria Cristina de Oliveira - USP | X | ||
| Maria Luiza Machado Campos - UFRJ | X | ||
| Marisa Nicolás - LNCC | X | ||
| Marta Mattoso - COPPE/UFRJ | X | ||
| Michael Stanton - RNP & UFF | X | X | |
| Nelson Ebecken - COPPE/UFRJ | X | ||
| Priscila Goliatt - UFJF | X | ||
| Regina Braga - UFJF | X | ||
| Reinaldo de Carvalho - INPE | X | ||
| Ricardo Ogando - ON | X | ||
| Ricardo Torres - Unicamp | X | ||
| Roney Coimbra - FIOCRUZ | X | ||
| Sandra Fabbri - UFSCar | X | ||
| Sergio Lifschitz - PUC-Rio | X | ||
| Sergio Manuel Serra da Cruz - UFFRJ | X | X | X |
| Vanessa Braganholo - UFF | X | ||
| Vania Vidal - UFC | X | ||
| Wagner Meira Jr. - UFMG | X | X |
Coordenação
- Eduardo Bezerra (ebezerra at cefet-rj.br) - CEFET/RJ
- Eduardo Ogasawara (eogasawara at cefet-rj.br) - CEFET/RJ
